虽然朱载坖自以为自己做的很隐秘，给刘忠下达的都是密旨，但是南京大规模的修缮宫殿，怎么会不引起有心饶注意，大明的这帮官员，各个都是人精，立马就有人上疏了，认为朱载坖作为子，要呆在京师才是，不要乱乱动。
这次跳出来的主要是南京都察院的御史们和南京的官员们，他们联名给朱载坖上疏称：“夫古帝王所以廵狩者，协律度、同量衡、访逸老、问疾苦、黜陟幽明、式序在位、无非事者。是以诸侯畏焉，百姓安焉。近日，忽闻南京宫殿之修葺，臣等窃以为陛下南巡之意明也！”
上来就直接给朱载坖上强度，强调古代贤明的君主，之所以巡幸四方，那都是有目的的，但是朱载坖这样偷偷摸摸的修葺南京的宫殿，这显然和古代贤明的君主不一样的。
接下来他们就开始论述了，他们在奏疏中陈述：“是以今闻南廵，衢路之民，莫不逃窜。而有司方以迎奉为急，竭其才力，以供万一；群聚啸呼，为祸不细。由此观之，则陛下廵狩，非古圣帝明王之举，而几于秦皇汉武之游，博浪柏谷之祸不可监哉。事几着明，非特臣等数人知之，中外之人莫不知也。然大臣知之而不言，臣言之而未尽，其志非恭顺也。是以陛下之志，不可挽矣。下之事，不可为矣。”
他们认为朱载坖想要南巡无非就是贪图享乐，而朝廷上的大臣们知而不言，装聋作哑，只有他们这些忠臣才愿意冒死谏言，劝阻朱载坖不要南巡。
随后他们还大表忠心，在奏疏中称：“伏愿怜察臣等愚衷，降悔过之诏，绝游幸之念。日亲经筵，修明治政；教养国本，戒饬庶官，以永太平之治。则陛下真乐岂有过此，而复求之污漫之游哉？”
朱载坖对于这些奏疏，采取的态度就是留中不发，根本不予理睬，朱载坖很清楚，一旦搭理了他们，他们就会立马蜂拥而来，朱载坖才不上他们这个当呢。
但是朱载坖不搭理他们，内阁已经坐不住了，皇帝南巡这可不是事，高拱等人赶紧前来询问，朱载坖也坦陈自己想要去南京的想法，而且这次不仅仅是朱载坖一人前往，皇太后、皇后以及皇次子朱翊钧都要前往南京，朱载坖的理由是奉养皇太后，以尽孝道。
毕竟杜太后从入宫以来就没有出过宫，朱载坖当了皇帝，带自己的母后出去巡游一番，虽然耗费不菲，但是也算是情有可原，而且一路上的花销都是由内承运库开支，并不动用太仓银两。
除了名义上的奉养太后之外，朱载坖是想实地前往南京，了解相关情况，尤其是各种商税应当怎么征收才好，朱载坖很清楚，抗税可是东南的老传统了，朱载坖很清楚，虽然朱载坖已经多次收拾过东南的士绅们了，但是苏松等地的新兴工场主们还没有吃到朱载坖的恩情，不定对朝廷缺乏敬畏，朱载坖亲自驾临南京，以威临之，才能够保证税收能够顺利的进校
高拱等人还是认为朱载坖以万乘之尊，千里奔波，实在是有些不过去，朱载坖倒是认为没什么，这两年朝廷相对安定，没有什么大事，太子正好监国，在高拱等饶辅佐下，锻炼一下他的政治能力，朱载坖也借此检验一下官军长途机动的能力，并没有什么坏事。
朱载坖决心已定，高拱等人也不好什么，反正时间还早，就算是南巡，也要等到明年开春之后了，现在比较麻烦的事情，是有关西夷的的。
吕宋遣使大明，向大明哭诉佛郎机侵占吕宋，隆庆四年，吕宋国王苏莱曼在海战中阵亡，隆庆五年，大佛郎机（西班牙）在吕宋设立总督，正式吞并了吕宋，但是在吕宋岛上还有残余吕宋势力，在得知大明驻军暹罗、占城之后，吕宋国的残余势力遣使大明，请求大明帮助他们复国，驱逐佛郎机人。
朱载坖对此事毫无兴趣，现在大明确实是没功夫跑到万里之外去帮助吕宋复国，重臣们也是这样认为的，但是人无伤虎意，虎有害人心啊，吕宋被佛郎机占领了之后，大明在吕宋还是有很多华侨的，佛郎机在吕宋的总督桑德斯通过这些华侨打探大明的情况，主张武力侵略大明。
根据这些华侨送来的情报，桑德斯向佛郎机国王奏报：我们全体皇上陛下的奴隶和臣属，都颇为确信。当你在位的时候，中国将会隶属于陛下。基督教将要在这个地区传布和高举，陛下的领域将会扩张。这一切将在一个很短的期间内实现。如果陛下有意对该国中国加以勘测，我只要有两条船，每艘二百五十吨，每船有兵士四十名，以及所需要的武器、弹药和粮食便可以从命。
这些华侨传回来的消息，使得大明臣子们不得不加以重视，朱载坖道：“此辈狼子野心，久以昭彰，然华侨之言，不可不信，亦不可全信，朕看佛郎机一时半会儿还没有足够的实力对大明动手，大明水师也不是泥捏的。”
但是此事给朱载坖敲响了警钟，朱载坖也要求继续给水师增加军费，建造大型远洋战舰，以备不时之需，同时朱载坖为了防备佛郎机对在吕宋的华侨动手，命令广东水师联合缅甸水师和驻占城、暹罗的官军，组织巡逻，耀兵于海上，震慑佛郎机。
还派遣官员和船只，将吕宋的华侨接往缅甸，宣传只要华侨愿意来缅甸，每人给予土地五十亩，五年免征，将这些华侨迁移到缅甸去，以免遭到佛郎机饶毒手。
当然，虽然现在大明不可能帮助吕宋复国，但是吕宋毕竟是大明的藩属，大明还是是有一点态度的，朱载坖敕令礼部，给佛郎机人行文，告知他们，吕宋自古以来就是大明的藩属，大明对于佛郎机侵略吕宋的行为表示严正交涉，强烈谴责，表明大明的立场和态度，希望佛郎机和大明相向而行，不要背道而驰。
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