王敦的突然起兵，给王导带来很大困难。他每一早就带上兄弟子侄在皇宫门前请罪，以避免举族受诛。在周顗的极力保举下，司马睿任命王导为前锋大都督，同时命戴渊、周顗、王邃分别统军。他还命右将军周札与刘隗分别守卫建邺城的两个军事要塞——石头城和金城（今江苏南京东北，长江南岸处89
）。此外，司马睿还下诏命梁州刺史甘卓、广州刺史陶侃分领荆、江二州，从后方攻打王敦。然而当王敦进抵建邺时，周札却献上石头城投降。刁协、刘隗、戴渊等人接连发起反攻，最终以失败告终。
当王敦成功攻入建邺后，放兵四处劫掠。司马睿无可奈何，只得派人转告王敦：“如果你没有忘掉朝廷的话，请马上息兵。你要有别的打算，我可以退居琅邪国为你让路。”司马睿见到败退回宫的刘隗、刁协，拉着他们的手，痛哭流涕。他亲自准备了马匹、人力，催促他们逃走。后来，刘隗投奔石勒；年迈的刁协在中途被人杀死。43
不久，在建邺之外反对王敦起兵的各路州镇也陆续遭到失败，司马尝甘卓先后被杀，陶侃退回广州。7
忧愤而死
王敦控制朝政后，先后杀害戴渊、周顗等人，并随意进退内外群臣。他还把司马睿软禁在宫中，取消了人身自由。永昌元年（322年）四月，王敦退军还武昌，临行前又在建邺设置了留府，以控制朝廷。不久，王敦加领宁、益二州都督，并把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。在王敦看来，改朝换代只是时间早晚的问题。7
面对王敦的控制与羞辱，司马睿感到极度痛苦，心力交瘁，最终在永昌元年闰十一月己丑日（323年1月3日）病死在宫中，时年四十七岁。谥号元皇帝（“谥法”称“始建国都曰元”44
），庙号中宗，安葬于建平陵。遗诏由太子司马绍继位，是为晋明帝。2
临终前，司马睿选择王导作为顾命大臣，希望他效仿曹魏陈群辅佐魏明帝的故事，做新帝司马绍的“陈群”。45
明帝即位两年后，依靠其他大族的支持，将第二次起兵企图篡夺帝位的王敦击败，终于平息了王敦之乱。
为政举措
政治
在司马睿称帝立国的过程中，琅邪王氏出力尤多，对其政权建立作出了很大的贡献，故东晋初号称“王与马共下”。但司马睿即位后，对这种状况十分不满，力图重建皇权的威严。45
为此进行了一系列的行动。
以法御下
司马睿“好刑名家”46
“用申韩以救世”47
，采用法家的法治政策。他通过惩处一些不守法的官员，以显示皇权的威严。太兴元年（318年），司马睿两次下诏整饬吏治。第一次的时间在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面却又表示要惩办不法官吏。第二次在七月。司马睿的语气转变为十分严厉，除命令各级官吏奉公守法，“抑齐豪强”，安抚百姓，查实户口，劝课农桑外，还要求“州牧刺史当互相检察”，如果不举荐奉公、惩罚贪赃者，将受到责罚48
。通过这份诏书，司马睿向下表明了以法治国的理念和加强皇权的决心49
。他还亲自下令重罚了亲信宋典、永康县令胡毋崇90
，处决了桂阳太守程甫（王敦的亲信）、徐州刺史蔡豹等数名违制的官吏，以示惩戒
7
。刘隗在元帝以法御下的政策下，弹劾了王籍之、颜含、王虞、王彬、周嵩、周顗等官员，打击了士族的气焰，展示了皇权，使“王氏深忌疾之”50
。
同时，司马睿也选用刘隗、刁协等支持振兴皇权的人士充任左膀右臂。他的许多意图都由二人执校在选官用人方面，他采纳了尚书陈税“宜渐循旧制，试以经策”的建议，并且下诏规定，若太守和刺史荐举官员不善，则免官91
。以此改变由士族控制官员任命的现状，加强中央政府的权力。49
司马睿以法御下，又重用刘隗、刁协，疏远王导，这表明了他要摆脱“仲父”的约束，从而建立君臣之道的态度。49
调整中枢
司马睿为加强皇权，还试图通过调整中枢机构及其人员安排，进而掌控中枢。魏晋时期的中枢机构一般由参谋（决策）系统和行政（执行）系统组成。东晋的参谋系统主要有中书省、门下三省（散骑省、门下省、侍中省），主要官员有中书令、中书监，侍症散骑常侍；行政系统由尚书省构成，主要官员有录尚书事、参录尚书事、尚书令、尚书左右仆射。49
当司马睿即位后，北来士族的代表人物王导被任命为骠骑将军、散骑常侍、都督中外诸军事、中书监、录尚书事、扬州刺史，以一人身兼数职，既是参谋系统的主要人物，又是行政系统的主要指挥者，对司马睿加强皇权是一个很大的障碍。对此，他调整了中枢机构的人员安排。司马睿即位的第二个月，即命太尉荀组与太保西阳王司马羕兼并录尚书事；即位的三个月后，又任命刁协为尚书令，分化王导的行政权。在参谋系统，司马睿也对中枢机构作流整。在机要之地中书省，王导任中书监，权势极大。为此，元帝将中书省并入散骑省，以削王导决策权。中书省并入散骑省后，门下省的职权扩大，逐渐成为“喉舌之要”51
。通过任命刘隗为门下省长官，司马睿在中央决策中增强了自己的分量。49
司马睿对中枢人员的安排及中枢机构的调整，起到了压制士族、扩张皇权的作用。49
侨置郡县
“永嘉之乱”后，北方人民与士族大量南迁（参见词条永嘉南渡），多相聚而居，保持原籍贯。自太兴三年（320年）在建邺（今江苏南京）侨立怀德县开始，司马睿开始在辖地内用北方地名设立侨州、侨郡、侨县，安置北方士族。侨州郡县安置的侨人，保持其原来籍贯，另立户籍，给以优复特权，不受当地政府管辖，这对招徕北人和鼓励登录流人于户籍、缓和南北士族矛盾都起了一定的作用。
105
社会
中央政府直接掌控的户口数量，很大程度上决定了政府税收情况，同时也影响政府的征兵能力。东晋时，士族长期控制国家人口，大量户口成为封建土地上的佃客，其劳动的成果尽归士族，不为中央政府掌控，这也是导致皇权受制于士族的重要原因。元帝要振兴皇权，就要防止士族荫庇户口。
司马睿在位期间，曾两次发布诏令，来搜括户口。第一次在太兴元年（318年），要求两千石官员隐实户口，发展农业，很显然是为了增加国家编户，增加中央政府的税收；第二次是在太兴四年（321年），诏书反映了司马睿希望将流民编入军队，加强自己军权。此种举措虽被《资治通鉴》认定为“刁协之谋”52
。但刁协是司马睿振兴皇权的得力助手，其所提出“以奴为兵，取将吏客使转运”的建议很明显是秉承司马睿旨意提出的。49
给客制度
为保证搜括户口诏令的顺利执行，司马睿颁布了给客制度。给客制度是在西晋荫客制度基础上，根据东晋社会的实际制定的政策。给客制度除对第一、二品官职荫佃客户数的规定比旧制有所减少外，以下各品皆有大幅度的增加，如第三品由原来的十户增至三十五户，第四品由七户增至三十户，最低的八品、九品也由原来的一户增至十户、五户。给客制度保留了旧制的荫衣食客人数，又增加了荫典计人数的规定。给客制度进一步明确了“客皆注家籍”，“皆无课役”，“其佃谷皆与大家（主人）量分”等规定。给客制度再一次从法律上肯定士族地主私占人口的权力，反映了东晋时期士族地主的强大以及皇权对它的软弱和依赖。当然，这一制度同样反映霖主国家同地主分子在劳动人手方面的激烈争夺。因为司马睿颁布给客制度的主要目的是限制大族对国家人口的过度侵吞，并把他们超过规定的私占人口强征为国家所樱7
通过征客为兵，司马睿得到了大量的兵员，配给刘隗、戴渊两军府的人数各在万人以上。由于这一措施使许多大族蒙受损失，引起他们普遍的怨愤，以致后来王敦进攻建邺时，这些人大多持默许的态度。7
军事
司马睿在位时期，王敦总制荆州，掌握东晋的主要军事力量，并具有顺江东下、直指建邺的战略优势。因此，为振兴皇权，必须设法加强自己的军事实力。为了达到这一目的，他首先任命宗室司马承为湘州刺史，作为帝室的藩屏53
；其次，又派遣自己的心腹出镇地方。太兴四年（321年），司马睿以尚书仆射戴渊为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴54
。《资治通鉴》评论这一部署为“名为讨胡，实备王敦也”。55
以上数人，加之豫州的祖逖、梁州的周访（后为甘卓）、广州的陶侃等实权派，对王敦形成了极大的牵制。后来王敦举兵前，也不得不向甘卓明。王敦举兵后，甘卓没有同他一道出兵，使王敦大感吃惊56
。
历史评价
司马睿的中兴重臣王导在其南渡之初曾指出：“琅邪王仁德虽厚，而名论犹轻。”57
东晋文学家曹毗在《歌中宗元皇帝》称颂道：“运屯百六，罗解贯。元皇勃兴，网笼江汉。仰齐七政，俯平祸乱。化若风行，泽犹雨散。沦光更耀，金辉复焕。德冠千载，蔚有余粲。”58
北齐史学家魏收在以北朝为正统的《魏书》中对司马睿极尽嘲讽：“司马睿之窜江表，窃魁帅之名，无君长之实，局脊地，畏首畏尾，对之李雄，各一方盗，其孙皓之不若矣。”1
在唐初“公子”（被多数史学家认为是李世民）与虞世南的问答中，“公子”：“中宗值下崩离，创立江左，俱为中兴之主，比于前代，功德云何？”虞世南答道：“元帝自居藩邸，少有令闻，及建策南渡，兴亡继绝，委任宏茂，抚绥新旧，故能嗣晋配，良有以也。然仁恕为怀，刚毅情少，是以王敦纵暴，几危社稷，蹙国舒祸，其周平之匹乎？”59
房玄龄等唐代史臣在《晋书·元帝明帝纪》中作出如下总评：“晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹畅于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！”60
司马睿
宋代史学家司马光认为：“帝恭俭有馀而明断不足，故大业未复而祸乱内兴。”61
宋代理学家范浚：“昔晋元帝启基江左，出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，刻日北征，至以漕饷稽期，诛督运令史，志非不速也；然终不能成尅复功者，惟无图功之谋而已。”62
宋代理学家胡寅就司马睿听从王导戒酒之谏一事评论道：“晋元名论不高，人心未附，始初建国，事以酒废，闻王导一言，铭心自克，其终济大业，百有余年，不亦宜乎？”就辞位期间贬谪周嵩一事评论：“王之再辞而不许，诚乎？不诚乎？不诚则安用辞，诚则周嵩何罪？史载嵩以直言忤旨，然则王之旨固欲速也，姑以揖让之文，以美观听而已。一斥周嵩，情实立露，此与前者摄甲出次而杀淳于伯同一意解，于假仁亦不能者也。使元帝苟能假仁，用嵩之策，迟以岁月，义问宣、昭，主晋祀者，舍琅琊而谁乎？或曰：孝文自代来，东向让者三，南向让者再，亦伪耶？曰：文帝厚德，礼度可观，岂晋元之比哉？”就司马睿与祖逖的关系评论道：“使元帝有克复旧物之志，仗钺徂征，百六椽中，岂无二三豪俊如逖比者？使之左提右挈，并驱争先，石勒虽善用兵，岂得高枕而卧也？元帝既不能然，于逖有功之时，赏秩未充，反使吴士以虚名重位往统临之，致逖怏快，勋业不终。世未尝无才，人主负之者亦多矣，可胜叹哉！”就司马睿抑制王氏一事评论道：“元帝欲稍抑王氏之权者，正心以正朝廷。动无失德，举无过事，所以自正也。自无不正，人欲叛之心十去四五矣。精择贤材，布在有位，所以正朝廷也。朝廷既正，人欲叛之心十去七八矣。正使奸凶不忌，恃强而反，而众正在我，不正在彼，其胜负之几已判于一堂之上矣。帝乃引刁、刘二人为腹心，是欲却豺虎而投之以肉也。”108
宋人朱松曾劝谏宋高宗赵构道：“自古中兴之君，惟汉之光武勤劳不怠，身济大业，可以为法。晋之元帝、唐之肃宗志趣卑近，功烈不终，可以为戒。”赵构也同意其法，指出：“光武固无可议，若元帝，仅能保区区之江左，略无规取中原之心；肃宗惑于张后、李辅国之谗，而亏人子之行，此其可戒也。”
宋代学者李闳祖认为：“晋元帝无意复中原，却托言粮运不继，诛督运令史淳于伯而还。行刑者以血拭柱，血为之逆流。人幽显，不隔丝毫！”63
宋代学者张栻：“为国有大畿，大畿一失，则其弊随起而不可禁。所谓大畿，三纲之所存是也。晋元帝初以怀帝之命来临江左，当时之意，固以时事艰难，分建贤王以为屏翰，庶几增国家之势，折奸宄之心，缓急之际，实赖其纠率义旅，入卫王室，其责任盖不轻矣，而琅邪之入建业，考观其规摹，以原其心度之所安，盖有自为封殖之意，而无慷慨谋国之诚，怀帝卒以蒙尘，迄不闻勤王之举。愍帝之立，增重寄委，制诏深切，而亦自若也。祖逖击楫渡江，聊复以兵应其请，反从而制之，使不得有为，则其意不在中原也审矣。坐视神州板荡，戎马纵横，不以动其心，不过欲因时自利云耳。愍再蒙尘，惧下之议己，则阳为出师之势，迁延顾望，终归罪于运饷稽缓，斩一无辜令史以塞责。赤青之异亦深切矣，吾谁欺，欺乎？夫受君父之委托而坐视其祸变，因时事之艰难而觊幸以自利，三纲沦矣。惟其大畿既失，故其所以建国规摹亦复不竞，乱臣贼子如王敦辈不旋踵而起，盖其弊有以致之也。使元帝痛怀、愍之难，笃君臣之义，念家国之仇，率江东英俊，鼓忠义之气，北向讨贼，义正理顺，安知中原无响应者？以区区一祖逖，倔强自立于群豪之间，犹几以自振，况肺腑之亲，总督之任，数路之势，何所不济哉？惟其不以大公为心，而私意蔽之，甚可叹息也。”97
明代大臣孙承恩在《古像赞·晋元帝》中作赞道：“晋失中土，元起江东。皇眷德，群贤效忠。冲虚性成，恭德纯至。雄武未优，中兴犹愧。”
明末文学家吴应箕：
1晋元帝之始为丞相也，闻长安不守，即出师露次，移檄北征，而王导亦影戮力中原，克复神州”之语。及即位以后，导为宰辅，遂君臣偷惰，无复有经略远图，以至于强臣见逼，卒于忧愤。此实何哉？元帝亦知江南单弱，非汉赵之敌，微安静不能保全，其自计不可谓不审矣。然是时大仇未复，人心思奋，乘国家之新造，外有刘琨、慕容之推奉，内因祖逖、李矩等之旧屯，以厉其气而用之，其君臣日夜相与忧勤震动，惟敌是图，其国可强。国强则主尊，使奸雄有所惮而不敢肆，虽大业未复而臣祸可息，此理也，势也。恃外患之不至，而一意隐忍姑息以冀其苟安，于是王敦、苏峻之属得以窥吾所深忌，而犯其所必狃，此亦岂非自然之势乎？且晋是时亦乌能苟安也？以刘石之强梁崛起，及锋用之，何战不克？幸其战胜而骄，又自相图于君臣骨肉之间，而无暇及晋。向令葛陂之众不退，又赵不背汉而专事东方，不知帝何以御之？即导亦岂能遵养时晦，犹自以其德望晏然处逆臣之右哉？故吾尝谓晋元之得国，悻也。而其主臣之谋国，实有亡道。夫国之存亡，也。诸葛武侯岂不知汉不可复兴，贼不可即灭？而其言日：“王业不偏安，坐而待亡，何若灭贼？”于是连年动举，惟敌是求，而鞠躬尽瘁，至死后已。后之论者犹以国而数出师为亮病，无怪于谀导者以偷安为有权略，而谓江东再造，导之力也。导者，真所谓坐而待亡者也。其不亡者，也。然而即使导能矣，其如元帝之不可与虑亡何？是故晋之主臣无一可为后世法者也。
2夫元帝即疏属，当其既正王位之后，为群情所向，则承晋统者非元而谁？
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